Хороший вопрос. На эту тему накопился богатый опыт, но я его еще не структурировал. В двух словах, наверное, будет так:
1. Где готовим. Если готовим на непрямом жаре, то и термометр нужно располагать в зоне непрямого жара (нужно учитывать, что продукт, который лежит также на непрямом жаре будет охлаждать воздух и термометр будет показывать более низкую температуру, чем есть на самом деле). Если готовим на прямом жаре, то располагаю по границе, между прямым и непрямым жаром.
2. Где должны быть заслонки. Это более важный момент, чем вопрос о расположении термометра. Например при копчении или запекании важно, чтобы заслонка крышки была над продуктом, чтобы дым и жар "обтекали" его. Однако, при этом может получиться так, что термометр будет с противоположной стороны, а значит над углями и будет сильно врать в большую сторону. В этом случае лучше плюнуть на термометр и поставить заслонки над продуктом, а вместо термометра в крышке использовать щуп для решетки и беспроводной термометр.
А вообще, это давняя проблема Weber. На западе народ очень давно сетует, что вебер монтирует термометр в крышку либо напротив заслонок либо справа или слева от них. На деле же, это очень неудобно. Идеальным был бы вариант, если бы термометр располагался прямо рядом с заслонкой, но вебер почему-то так не делает.